《温州医科大学学报》编辑部于1959年创立，作为我校的科研学术园地，是我校对外进行学术交流的重要宣传窗口。随着我校学科的蓬勃发展，温州医学院期刊社于2003年应运而生。根植于温医这座著名的高等学府，得瓯越文化悠久历史之底蕴，秉承温医人“仁肃勤朴、求实奋发”的人文精神，期刊社唯实求真，磨砺奋进，不断发展、进步。

目前温州医科大学共有《温州医科大学学报》《中华眼视光学与视觉科学杂志》《肝胆胰外科杂志》《Eye and Vision》《医学参考报 眼科专刊》5种公开出版的学术期刊（报刊）。其中，《Eye and Vision》获2014年度中国科技期刊国际影响力提升计划D类项目资助，2015年被PubMed数据库收录，2018年被SCIE数据库收录，2022年影响因子为4.2，位于眼科学Q1区；《中华眼视光学与视觉科学杂志》被中国科学引文数据库（CSCD）核心版收录；《温州医科大学学报》《肝胆胰外科杂志》《中华眼视光学与视觉科学杂志》均为中国科技核心期刊，4种期刊多次荣获中国高校优秀科技期刊。据《中国科技期刊引证报告》提供的数据，温州医科大学主办的学术期刊的被引量、影响因子、基金论文比等多项期刊评价指标位居全国同类杂志前列，目前已被美国《化学文摘》（CA）、波兰《哥白尼索引》（IC）、《中国科技论文与引文数据库》（CSTPCD）、《中国生物医学文献数据库》、《中国学术期刊检索与评价数据库》、《万方数据-数字化期刊群》等国内外数十种权威数据库收录。